El asentamiento y fundación de Torrejón de Ardoz se produjo en los años de la reconquista de Alcalá de Henares tras la ocupación musulmana. En el año 1118, los cristianos, con Alfonso VII, recuperaron Alcalá y su tierra, en la que estaba incluida la fortificación fronteriza de Torrejón.
Durante la Edad Media, Torrejón formó parte del señorío eclesiástico perteneciente al Arzobispado de Toledo. La villa más importante era Alcalá, de la que Torrejón dependía a nivel administrativo y jurídico. A mediados del siglo XVI, los habitantes de Torrejón (214 vecinos) vieron la necesidad de independizarse de Alcalá.
Algunas familias se justificaron con razones como la distancia, para pedir al rey Carlos I, a través del propio Arzobispado de Toledo, que se les concediese Carta de Privilegio. Torrejón pasaría a depender directamente de la Dignidad Arzobispal de Toledo y a convertirse en villa.
Durante el reinado de Felipe II hubo intentos de comprar la villa por parte de algunos caballeros, así que los vecinos solicitaron al rey merced para incorporar la villa a la Corona y salir de la jurisdicción del Arzobispado de Toledo. La Corona accede y el primer día del año 1575 queda como único propietario de la villa el rey, por lo que queda desvinculada del Arzobispado, a excepción de unas tierras en el Soto de Aldovea, que seguirían perteneciendo a la Dignidad Arzobispal de Toledo hasta el siglo XIX.
En el Diccionario Geográfico, Estadístico, Histórico de España de Pascual Madoz, se dice de Torrejón que pertenece a la provincia y audiencia territorial de Madrid, partido judicial de Alcalá de Henares, capitanía general de Castilla la Nueva, diócesis de Toledo.
Torrejón de Ardoz ha sido un municipio de tradición agrícola y ganadera, careciendo de industria y de comercio de interés hasta bien entrado el siglo XX, con notables cambios, como la instalación de la Base de Automovilismo y el campo experimental del Instituto Nacional de Técnica Aeronáutica. En la década de los 50 comienza a funcionar la Base Aérea Norteamericana. En 1970 se comienzan a construir los polígonos industriales y bloques de viviendas.