Tuvo su origen cuando en el año 1208 el rey Alfonso VIII estableció los límites de Segovia con Toledo, Madrid y Alamín. En este momento aparece por primera vez el nombre de Pozuelo: “et Pozolos remanet de parte de Madrid”.
El territorio actual pertenecía al alfoz, dentro del sexmo de Aravaca, por lo que fue conocido desde este momento como Pozuelo de Aravaca.
El nombre del municipio derivó, por un lado, de la existencia de pozos y manantiales en el territorio, y por otro, del apellido de la persona que compró el municipio. Pozuelo estuvo sometido a la jurisdicción real hasta el año 1632, momento en el que pasó a jurisdicción señorial y fue adquirido por Gabriel Ocaña de Alarcón, que puso como condición de compra el cambio de nombre de Pozuelo de Aravaca a Pozuelo de Alarcón.
Durante el siglo XVIII, la localidad comenzó a adquirir cierta importancia, ya que era destino de veraneo de la burguesía madrileña, que decidía disfrutar de una temporada entre árboles y aguas que se decía que eran medicinales.
Se fueron formando colonias con las casas de verano y viviendas unifamiliares, conocidas como "hoteles". El auge de Pozuelo llegó con el ferrocarril en 1861, que intensificó la llegada de estos veraneantes. En 1914 fundaron la Colonia de San José.
La Colonia de los Ángeles fue fundada en el año 1926 y tres años más tarde se creó la Sociedad Colonia de los Ángeles. También es de esta época la antigua Quinta del Carmen, que dio lugar a la Colonia de la Cabaña, creándose al año siguiente su correspondiente sociedad.
El desarrollo de Pozuelo se interrumpió en la Guerra Civil, debido a los episodios violentos que tuvieron lugar en el municipio.
A partir de la década de los 50 aumentó la población, que se asentó en Pozuelo, llegada de lugares como Castilla León, Castilla La Mancha, Andalucía y Extremadura.
Desde los años 70, Pozuelo de Alarcón comienza a transformarse en ciudad con grandes urbanizaciones, dejando atrás las huertas, viñas y fábricas de curtidos.
A finales de los años ochenta y principios de los noventa se levantaron los edificios de ampliación de la Casa de Campo en la avenida de Europa, esto supuso doblar la población existente.