El primer documento que habla de Humanes data del año 1141, en el que Alfonso VII dona la villa a Pedro Brimonis, primer señor de Humanes. Su sucesor, Pelayo Pérez, fue protagonista de momentos importantes de la historia de la villa. En 1173 le otorgó la Carta Puebla y tres años después donó la villa de Humanes, bajo ciertas condiciones, a la Orden de San Juan de Jerusalén o "del Hospital", orden religioso-militar creada en Jerusalén en el siglo XI.
A pesar de la donación, la Orden no ejerció el señorío sobre la villa, pues fue entregada en 1183 al Conde D. Fernando Núñez de Lara, quien retuvo sus derechos sobre Humanes hasta 1193.
Humanes se convirtió en patrimonio sanjuanista en el siglo XII, pasando por tanto a ser una de las fuentes de ingresos de la orden. No se conoce el momento exacto ni los motivos de la salida de Humanes de la Orden de San Juan.
La figura clave en el proceso de transformación fue López de Ayala "el Tuerto", quien en 1445 recibió de Juan II el Señorío de Humanes. Con esta concesión, los Ayala, que recibieron el título de Condes de Fuensalida, tenían privilegios tales como la jurisdicción civil y criminal, la elección de los cargos públicos, el cobro de gran cantidad de tributos y la propiedad de la mayor parte del territorio, que arrendaban para el cultivo. Un descendiente de Pedro López de Ayala fue perdiendo paulatinamente sus posesiones en favor de los habitantes de la villa.
En 1500 pertenece al mayorazgo de la Marquesa de Villa Sierra y en 1620 aparece como parte del patrimonio del Conde de Fuensalida.
En 1833, debido a un reajuste de las provincias, Humanes deja de pertenecer a Toledo y se integra en Madrid.
Su economía sigue dependiendo de la agricultura, a finales del siglo XVIII cultivaban trigo, cebada, centeno, avena, garbanzos, judías, algarrobas, uvas, aceitunas y hortalizas. Se llevaban productos a Madrid para venderlos en los principales mercados. Además, en ganadería era importante la explotación de bovino, porcino y algunos rebaños de ovejas. La industria, de carácter local, se limita, entre otros, a la producción de aceite, vino y pan. Comercialmente, se exportan granos, carne, leche y lana.
La población se ha mantenido estable a través de los cuatro siglos de historia, hasta la década de los 70, momento en el que pasa de 1.200 habitantes dedicados en su mayoría a la agricultura, al actual crecimiento progresivo.
